在研究生教育规模持续扩大与创新人才培养质量矛盾日益突出的背景下，导师指导行为对研究生创新能力的影响机制亟待深入探讨。本研究以内蒙古民族大学 2564 名硕士研究生为对象，构建“导师行为输入—院校环境调节—创新能力输出”理论框架，采用解释性序列混合研究方法（定量问卷 N=1160，质性访谈 N=78）。研究发现：（1）导师在学术指导、资源支持、情感关怀与创新孵化各维度均获高度评价（M>4.5）；（2）研究生知识整合力与批判思维力自评较高，但实践转化力较弱，创新成果产出率低（核心期刊发文率 15.86%，专利/著作权持有率 9.4%）；（3）学科与年级差异显著，工科与高年级学生在专利产出方面表现较好；（4）质性分析表明，“理论—实践”闭环是提升创新效能的关键，但受限于导师产业资源整合能力与学科特性。基于此，提出构建跨学科协作平台、强化实践转化支持、优化导师评价体系等建议，为资源非均衡地区研究生创新培养提供参考。