依法治校推动民办高校内部治理由经验管理转向制度治理，并呈现多元主体协同、权责分层配置与程序规范运行的基本特征。当前，民办高校仍存在大学章程实施效力不足、党组织董事会与校长权责衔接不畅、学术权力与师生参与机制不健全、监督救济与数字治理机制滞后等问题。对此，应强化大学章程的制度统领功能，建立治理主体权责清单，完善党组织董事会与校长协调衔接的决策机制，健全学术权力与师生参与相结合的协同治理机制，并构建监督救济与数字治理相融合的风险防控体系，推动民办高校内部治理实现权责清晰、程序规范、运行协同与监督有效。